Istota mechanizmu podzielonej płatności polega na tym, że płatność za nabyty towar lub usługę jest dokonywana w taki sposób, iż zapłata odpowiadająca wartości sprzedaży netto (bez podatku VAT) jest płacona przez nabywcę na rachunek rozliczeniowy dostawcy (lub jest rozliczana w inny sposób), natomiast pozostała zapłata, odpowiadająca kwocie podatku VAT, wpływa na rachunek bankowy dostawcy – rachunek VAT.

Mechanizm podzielonej płatności znajdzie zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do transakcji dokonywanych na rzecz innych podatników VAT. Nie będzie miał zatem wpływu na transakcje, których stroną będą nabywcy finalni (konsumenci). Ustawa zakłada dobrowolność w stosowaniu mechanizmu split payment. Inicjatywę w tym zakresie pozostawia się nabywcy towarów i usług. Jednocześnie ustawa przewiduje środki, które w założeniu mają zachęcać podatników do jego stosowania. W szczególności, w przypadku podatników, którzy będą stosować metodę podzielonej płatności, nie będą miały zastosowania regulacje statuujące sankcje podatkowe oraz odpowiedzialność solidarną.